全能神1995年成立以来，经过赵维山等人多年的苦心经营，已形成了一套等级分明、组织严密和高度集权的管理体系。根据全能神《神家各级带领、工人的职责规定》，全能神的管理体系共分四个系统：
一、行政系统
主要负责在其管辖区域内各级负责人及骨干的选用、培养、提拔、考核、调配，以及对一般成员的管理和日常事务的安排。
目前，“全能神”又将国内组织体系调整为6级即：监察组、牧区（目前全国分8大牧区）、区（地市）、小区（县、城市区）、教会（乡镇）、小组。其中，“全能神”总部设在美国，头目赵维山，称“大祭司”、“圣灵使用的人”。总部通过加密的通讯方式将其旨意传达给国内监察组；监察组为境内最高行政机构，全面负责境内“全能神”邪教活动，设组长、副组长，下设电脑组、校对组、朗诵组、诗歌组、资金组等专门机构；牧区设有监察员、监察助理等；区、小区、教会设有“带领”、“配搭”、“联络执事”。
“全能神”组织“小区”“配搭”以上骨干人员不得在本人居住区内任职，而是要异地任职。各级“带领”的任命、调换、裁撤均由上一级“带领”负责。“全能神”还实行“中心负责制”，即当某一级“带领”被公安机关抓获或内部调动、提拔，而上一级组织对该空缺职务尚未安排时，就取中心点（指处于中心位置的区、教会）所在区域“带领”自动接任，临时代理工作。
目前，“全能神”组织规定，每个区设2名“带领”（过去是1名“带领”、1名“配搭”），2名“办事员”；小区设2名“带领”，4名“讲道员”；教会设2名“带领”，3名执事（福音执事、浇灌执事、事务执事）。每个小组有10至20人组成，设组长1名；40人为一“小排”，设排长1名。各排各组都有一名“上级”从外地调来的“讲道高手”相助。每个教会小的有20至30人，大的有50至60人。一个小区大概有300人。
“全能神”组织的每一层都设有一线、二线、三线、四线人员。一线主持工作，二线见证工作，三线摸底、铺路，四线接待服事。他们在各地设有“联络站”（接待点）及特殊的“训练基地”（训练窝点），专供软禁人、“审判”人、为人“洗脑”所用。
二、传福音系统
主要负责发展组织成员。传福音分为一、二线传福音队。一线传福音队由“牧区”、“带领”任命，主要负责成员较少、需要大规模发展的区。二线传福音队由“小区”、“带领”任命，主要负责本小区内的传教活动，二线传福音人员每个月外出传道不少于15天。成绩突出的升为一线传福音。主持工作的一线教会“带领”负责发展成员，“带领”还分为“大带领”、“小带领”，每个“带领”下边有若干基层组织人员成为工人，即讲道工人，一个工人一般指导三四个初信者“吃喝神话”（初信者每天都要学习神说的话）。其他还有“配搭”（同高手相助）、事务执事、生命交流等职务，“生命交流”负责为“全能神”非法组织发放和收回资料。环境调查员负责收集哪些“教友”被抓，还要了解他们为什么被抓，被抓后是否叛教、出卖了“组织”，政府是怎么发现的等等。每个成员都被赋予相应的职责，且必须完成任务。
“全能神”组织《东方闪电摸底铺路细则》中“摸底”与“铺路”的定义如下：“借用各种关系、各种方式打入各派教会内部，与人拉好关系，获得他们的信任好感，以便了解他们内部的实情，为以后引见别人或见证工作打好基础。摸底绝不是见证工作，但有时可以给铺一铺路。”“在拉好关系之后，谈一些转观念的道理，也就是在见证之前，把他们里面容易与神工作打岔的观念、想法、认识一样一样的扭转过来，把他们里面所缺少的真理补上，使他们能谦卑下来，寻求考察神的工作，这个过程叫铺路。”
“全能神”称信徒为“神选民”，这些人每天都要接受学习。不信仰“全能神”的被称为撒旦（撒旦一词出自《圣经》，旧约中意思是“控告者、敌人、抵挡者”，新约中最常用的称呼是“魔鬼”，意思是“中伤者或毁谤者”）。夫妻之间一方信，不信的一方就是撒旦，兄弟姐妹之间不论谁，如不信就是撒旦。初信之时不能告诉家人和朋友，到了有一定“觉悟”的时候，再引诱其加入。“全能神”利用其组织的力量发展成员，秘密聚会，散步谣言，蛊惑人心，鼓动他人寻求极乐和逃避现实，消极处世，干扰和抗拒法律、法规的实施。
三、后勤保障系统
“全能神”邪教组织“牧区”以上均设后勤组织或事务队，负责保障组织正常运转，直接受“带领”的指挥。其主要负责四个方面的工作：一是书籍资料的分配运送，二是购买、分发手机等通讯工具，三是传递成员所写的“见证”（心得体会），四是协助“带领”选择“接待家庭”。后勤一般设“事务长”（也称“事务总管”）和“事务员”。
四、联络系统
主要负责在上下级之间、各个工作区之间传达交流各类信息，分为省级联络员、地区联络员和生活执事三级。联络手段分通讯联络和人工联络，区级以上骨干使用通讯联络，区级以下骨干使用人工联络。
牧区发展和变化：
1997 年，“全能神”建立东北、安徽、河南、山东 4 个区；1998 年 9 月，片改为小区。2000 年，增加调整为 5 个区；快速发展期2000 年 9 月，赵小山出逃美国后建立了总部，通过其在大陆的代理人何哲迅（化名罗刚），操纵指挥境内。2001 年下半年，又增加 3 个区，达到 8 个区，分别是：黑龙江区、辽宁区、豫南区、豫北区、安徽区、江苏区、河北区、山东区。2002 年上半年，赵小山指令加快组织发展速度，在每个区成立 6 个一线传福音队伍，在每个小区成立 2 个二线传福音队伍。2002 年下半年，又增设华南区（两湖、两广）、浙江区。2005 年 6 月，何哲迅在驻马店市一接待家召开同工会，参加人员有“全心”（河北）、“事奉”（河南）、“得着”（华南）、“体贴”（山东）、“用心”（安徽）、“透亮”（浙江）。会议选拔监察员，明确各区工作范围。因为东北区监察员“全心”迷惑人事件，被赵维山定为“敌基督”，赵维山认为何哲迅失职，责令重新选举监察组组长，何哲迅被迫辞职（2009 年被抓获）。2007年底，赵维山把全国分为9个牧区：辽东牧区、晋冀牧区、陕甘牧区、全豫牧区、齐鲁牧区、苏皖牧区、浙闽牧区、湖广牧区和川贵牧区。至此，“全能神”的权力架构完全明晰，最高层为“女基督”，下为“圣灵使用的人”，实际的权力中枢为监察组，接下来依次为牧区、区、小区、教会。此后，“全能神”组织不断变化，监察组成员更换频繁，到 2009 年监察组被打掉前，全国设 8 个牧区：辽东、冀晋、陕甘、浙闽、湖广、川贵、齐鲁苏皖、全豫，监察组长：有灵，监察组副组长：实行、正道。
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