“几乎没有人”（包括他们内部人士）“完全”了解全能神教会的领导结构，因为它是“一个非常复杂的秘密结构”。
根据 Introvigne 的说法，全能神教会确实有领导者。同一来源还提供了以下有关一些全能神教会成员如何解释全能神教会领导结构的信息：
一些全能神教会成员会 [坚持]以为 在全能神教会中“没有领袖”不承认赵维山。
学者提供了有关全能神教会领导结构的以下信息：
QNS是一个分层组织。监察组是一个行政机构，负责传达“上层”的指示，每六个月对教会进行一次检查和报告。领导（领导配搭）和他们的助手（配搭peida）带领区（区qü）、分区（小区xiaoqü）和教会（教会jiaohui）各级教会。各区、分区设有讲道员、传福音执事。层级分工不是很具体，但所有干部都要向上级汇报，督促、引导下属了解“真相”。
全能神教会的领导结构“分为几个层次，从最高的领导行政小组，到教区、堂区、地方教会和小组级别”，小组在危险环境中由三人或更多人组成，在安全环境中最多由七人组成”。 Introvigne 表示，“地方和超地方一级的全能神教会领导人是选举产生的，任期一年（在某些情况下为两年）”。同一消息来源指出，“较小的单位是教会（20 到 50 名成员），它选举一名教会领袖”， 教会领袖反过来选举分区领袖，
对于散居在外的全能神教会，他们“通常保持低调并使用他们的宗教而非民间名称来逃避打击。
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